Благочиния в Уржумской епархии в их настоящем виде были образованы в результате реформы прежней системы церковного управления.

4 октября 2012 года в Патриаршей и Синодальной резиденции в Свято-Даниловом монастыре под председательством Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла прошло заседание Священного Синода Русской Православной Церкви, на котором было принято решение об образовании новых епархий в Кировской области. В следствии этого изменились границы благочиний Вятской епархии вошедших в новообразованную Уржумскую епархию.

До 2012 года Кильмезское благочиние существовало в рамках Кильмезского района и заречной части Малмыжского района. Благочинным был иеромонах Александр (Попов).

При образовании Уржумской и Омутнинской епархий Кильмезское благочиние было упразднено и включено в состав Южного благочиния.

В 2013 году, по благословению епископа Даниила, Кильмезское благочиние было снова образовано и состояло из Кильмезского района и Немского района. Благочинным был так же иеромонах Александр (Попов).

В 2014 году благочинным был назначен иерей Владимир Мачехин.

В 2015 году, по благословению епископа Леонида, к Кильмезскому благочинию была присоединена заречная часть Малмыжского района.

В настоящее время Кильмезское благочиние состоит из Кильмезского района и заречной части Малмыжского района.