При создании Уржумской епархии Белохолуницкое благочиние первоначально входило в состав Северного благочиния. В 2015 году выделено из состава Северного благочиния, оставив за собой Белохолуницкий и Нагорский районы. С момента основания благочиние возглавлял иерей Михаил Быданов.

23 сентября 2020 года распоряжением № 59 епископа Уржумского и Омутнинского Иоанна Белохолуницкое благочиние упразднено.